O Ensino Fundamental do Colégio Bimbatti está de acordo com A Base Nacional Comum Curricular, BNCC, documento que apresenta os direitos de aprendizagem de todos os alunos da educação básica e orienta a aprendizagem das escolas brasileiras.

Tem como propósito a formação do cidadão mediante o desenvolvimento da capacidade de aprender, tendo como meios básicos o pleno domínio da leitura, da escrita e do cálculo; a compreensão do ambiente natural e social, do sistema político, da tecnologia, das artes e dos valores.

A organização do Ensino Fundamental do Colégio Bimbatti é divida, na prática, em duas fases. A primeira corresponde aos primeiros cinco anos, que chamados anos iniciais do Ensino Fundamental. É realizada em classes com professor coordenador titular. Os alunos têm aulas com professores habilitados de Inglês, Espanhol, Informática e Educação Física ou Ballet. Frequentam, também, aulas de leitura na Biblioteca. O segundo ciclo corresponde aos quatro anos finais, nos quais o trabalho pedagógico é desenvolvido por uma equipe docente de especialistas em diferentes disciplinas.

Nos primeiros anos, as crianças são estimuladas para aprendizagem através de atividades lúdicas, jogos, leituras, imagens e sons, principalmente nas séries iniciais. Através dos vários processos pedagógicos, busca-se conduzir a criança ao conhecimento pessoal, familiar e social.

Nos anos finais, adolescentes aprofundam os conhecimentos adquiridos no ciclo anterior e iniciam os estudos das matérias que serão a base para a continuidade no Ensino Médio Esta é uma fase importante por ser repleta de mudanças físicas, de pensamento e opiniões, em que jovens começam a buscar sua autonomia, e isso também é respeitado e trabalhado em sala de aula.